A Sebészeti Intézet 2006. július 1-én alakult meg a korábbi, külön épületben működő I. számú és II. számú Sebészeti Klinikák összevonásából. Az I. számú Sebészeti Klinika 1921-ben kezdte meg működését az Auguszta Szanatóriumban. 1923-ban költözött be saját épületébe az új klinika-telepen. 2006-ban az I. és II.sz. Sebészeti Klinika összevonásából létrejött a Sebészeti Intézet és 2008 júliusában új épületbe költözött. Igazgatója: Damjanovich László.