Jakab, S., Bálint, Á., Cseri, K., Bali, K., Kaszab, E., Domán, M., Halas, M., Szarka, K., Bányai, K.: Genome stability assessment of PRRS vaccine strain with new ARTIC-style sequencing protocol.
Front. Vet. Sci. 10 1-8, 2024.

Jakab, S., Bali, K., Freytag, C., Pataki, B., Fehér, E., Halas, M., Jerzsele, Á., Szabó, I., Szarka, K., Bálint, Á., Bányai, K.: Deep Sequencing of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus ORF7: A Promising Tool for Diagnostics and Epidemiologic Surveillance.
Animals (Basel). 13 (20), 1-14, 2023.

Bereczki, D., Nagy, B., Kerényi, A., Nagy, G., Szarka, K., Kristóf, K., Szalay, B., Vásárhelyi, B., Bhattoa, H., Kappelmayer, J.: EDTA-Induced Pseudothrombocytopenia Up to 9 Months After Initial COVID-19 Infection Associated with Persistent Anti-SARS-CoV-2 IgM/IgG Seropositivity.
Lab. Med. 53 (2), 206-209, 2022.

Girardi, P., Harutyunyan, S., Neuhauser, I., Glaninger, K., Korda, O., Nagy, G., Nagy, E., Szíjártó, V., Páll, D., Szarka, K., Kardos, G., Henics, T., Malinoski, F.: Evaluation of the Safety, Tolerability and Immunogenicity of ShigETEC, an Oral Live Attenuated Shigella-ETEC Vaccine in Placebo-Controlled Randomized Phase 1 Trial.
Vaccines. 10 (2), 1-15, 2022.

Váradi, A., Kaszab, E., Kardos, G., Prépost, E., Szarka, K., Laczkó, L.: Rapid genotyping of targeted viral samples using Illumina short-read sequencing data.
PLoS One. 17 (9), 1-23, 2022.

Nagy, Z., Pethő, Z., Kardos, G., Major, T., Szűcs, A., Szarka, K.: Effect of E2 and long control region polymorphisms on disease severity in human papillomavirus type 11 mediated mucosal disease: protein modelling and functional analysis.
Infect. Genet. Evol. 93 1-13, 2021.

Tóth, H., Buchholcz, G., Fésüs, A., Balázs, B., Nagy, J., Majoros, L., Szarka, K., Kardos, G.: Evolution of the Gram-Negative Antibiotic Resistance Spiral over Time: a Time-Series Analysis.
Antibiotics-Basel. 10 (6), 1-10, 2021.

Major, T., Szarka, K., Nagy, Z., Kovács, I., Balog, C., Karosi, T.: Gyulladás vagy daganat?: egy hirtelen jelentkező lateralis cysticus nyaki terime tanulságai.
Orv. hetil. 162 (15), 595-600, 2021.

Balázs, B., Tóth, Z., Nagy, F., Kovács, R., Tóth, H., Nagy, J., Tóth, Á., Szarka, K., Majoros, L., Kardos, G.: The Role of Uniform Meropenem Usage in Acinetobacter baumannii Clone Replacement.
Antibiotics. 10 (2), 1-12, 2021.

Szinai, M., Nagy, Z., Máté, P., Kovács, D., Laczkó, L., Kardos, G., Sápy, T., Szűcs, A., Szarka, K.: Comparative analysis of human papillomavirus type 6 complete genomes originated from head and neck and anogenital disorders.
Infect. Genet. Evol. 71 140-150, 2019.

Tóth, H., Fésüs, A., Kungler-Gorácz, O., Balázs, B., Majoros, L., Szarka, K., Kardos, G.: Utilization of vector autoregressive and linear transfer models to follow up the antibiotic resistance spiral in Gram-negative bacteria from cephalosporin consumption to colistin resistance.
Clin. Infect. Dis. 69 (8), 1410-1421, 2019.

Mensch, K., Szarka, K., Mensch, H., Dobai, A., Magyar, Z., Pacurar, M., Vartolomei, A., Manuc, D., Dobó Nagy, C.: PCR Technique Assisting the Early Diagnosis of Human Papillomavirus: a retrospective clinical study.
Rev. Chim. 69 (10), 2781-2787, 2018.

Ragin, C., Liu, J., Jones, G., Shoyele, O., Sowunmi, B., Kennett, R., Groen, H., Gibbs, D., Blackman, E., Esan, M., Brandwein, M., Devarajan, K., Bussu, F., Chernock, R., Chien, C., Cohen, M., Samir, E., Mikio, S., D'Souza, G., Funchain, P., Eng, C., Gollin, S., Hong, A., Jung, Y., Krüger, M., Lewis, J., Morbini, P., Landolfo, S., Rittà, M., Straetmans, J., Szarka, K., Tachezy, R., Worden, F., Nelson, D., Gathere, S., Taioli, E.: Prevalence of HPV Infection in Racial-Ethnic Subgroups of Head and Neck Cancer Patients.
Carcinogenesis. 38 (2), 218-229, 2017.

Ebrahimi, F., Mózes, J., Mészáros, J., Juhász, Á., Majoros, L., Szarka, K., Kardos, G.: Asymptomatic faecal carriage of ESBL producing Enterobacteriaceae in Hungarian healthy individuals and in long-term care applicants: a shift towards CTX-M producers in the community.
Infect. Dis. 48 (7), 557-559, 2016.

Ebrahimi, F., Mózes, J., Monostori, J., Kungler-Gorácz, O., Fésüs, A., Majoros, L., Szarka, K., Kardos, G.: Comparison of rates of fecal colonization with extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacteria among patients in different wards, outpatients and medical students.
Microbiol. Immunol. 60 (5), 285-294, 2016.

Tatár, T., Kis, A., Szabó, É., Czompa, L., Boda, R., Tar, I., Szarka, K.: Prevalence of human papillomaviruses in the healthy oral mucosa of women with high-grade squamous intra-epithelial lesion and of their partners as compared to healthy controls.
J. Oral Pathol. Med. 44 (9), 722-727, 2015.

Kis, A., Tatár, T., Gáll, T., Boda, R., Tar, I., Major, T., Redl, P., Gergely, L., Szarka, K.: Frequency of Genetic and Epigenetic Alterations of p14ARF and p16INK4A in Head and Neck Cancer in a Hungarian Population.
Pathol. Oncol. Res. 20 (4), 923-929, 2014.

Gáll, T., Kis, A., Tatár, T., Kardos, G., Gergely, L., Szarka, K.: Genomic differences in the background of different severity in juvenile-onset respiratory papillomatoses associated with human papillomavirus type 11.
Med. Microbiol. Immunol. 202 (5), 353-363, 2013.

Fehér, E., Kardos, G., Gáll, T., Kis, A., Gergely, L., Szarka, K.: Comparison of diversity of torque teno virus 1 in different mucosal tissues and disorders.
Acta Microbiol. Immunol. Hung. 58 (4), 319-337, 2011.

Gáll, T., Kis, A., Fehér, E., Gergely, L., Szarka, K.: Virological failure of intralesional cidofovir therapy in recurrent respiratory papillomatosis is not associated with genetic or epigenetic changes of HPV11: complete genome comparison of sequential isolates.
Antiviral Res. 92 (2), 356-358, 2011.

Szarka, K.: Sterilezés és dezinficiálás.
In: Gyógyszerészeti mikrobiológia I. Antimikrobás eljárások és kemoterápia. Szerk.: Szarka Krisztina, Kardos Gábor, Debreceni Egyetemi Kiadó, Debrecen, 1-43, 2010.

Kis, A., Fehér, E., Gáll, T., Tar, I., Boda, R., D. Tóth, E., Méhes, G., Gergely, L., Szarka, K.: Epstein-Barr virus prevalence in oral squamous cell cancer and in potentially malignant oral disorders in an eastern Hungarian population.
Eur. J. Oral. Sci. 117 (5), 536-540, 2009.

Fehér, E., Gáll, T., Murvai, M., Kis, A., Boda, R., Sápy, T., Tar, I., Gergely, L., Szarka, K.: Investigation of the occurrence of torque tenovirus in malignant and potentially malignant disorders associated with human papillomavirus.
J. Med. Virol. 81 (11), 1975-1981, 2009.

Szarka, K., Tar, I., Fehér, E., Gáll, T., Kis, A., D. Tóth, E., Boda, R., Márton, I., Gergely, L.: Progressive increase of human papillomavirus carriage rates in potentially malignant and malignant oral disorders with increasing malignant potential.
Oral Microbiol. Immunol. 24 (4), 314-318, 2009.

Szarka, K.: Sterilization and disinfection.
In: Pharmaceutical microbiology I. Antimicrobial procedures and chemotherapy. Szerk.: Szarka Krisztina, Kardos Gábor, Debreceni Egyetemi Kiadó, Debrecen, 1-51, 2009.

Klug, S., Ressing, M., Koenig, J., Abba, M., Agorastos, T., Brenna, S., Ciotti, M., Das, B., Del, M., Dybikowska, A., Giuliano, A., Gudleviciene, Z., Gyllensten, U., Haws, A., Helland, A., Herrington, C., Hildesheim, A., Humbey, O., Jee, S., Kim, J., Madeleine, M., Menczer, J., Ngan, H., Nishikawa, A., Niwa, Y., Pegoraro, R., Pillai, M., Ranzani, G., Rezza, G., Rosenthal, A., Roychoudhury, S., Saranath, D., Schmitt, V., Sengupta, S., Settheetham-Ishida, W., Shirasawa, H., Snijders, P., Stoler, M., Suárez-Rincón, A., Szarka, K., Tachezy, R., Ueda, M., Zee, A., Knebel, D., Wu, M., Yamashita, T., Zehbe, I., Blettner, M.: TP53 codon 72 polymorphism and cervical cancer: a pooled analysis of individual data from 49 studies.
Lancet Oncol. 10 (8), 772-784, 2009.

Sápy, T., Póka, R., Szarka, K., Kónya, J., Huga, S., Hernádi, Z.: Age-specific prevalence of high-risk human papillomavirus infection in a Hungarian female population with positive cytology.
Eur. J. Obstet. Gynecol. Reprod. Biol. 138 (2), 194-198, 2008.

Major, T., Sziklai, I., Czeglédy, J., Gáll, T., Gergely, L., Szarka, K.: Follow-up of HPV DNA copy number in cidofovir therapy of recurrent respiratory papillomatosis.
Anticancer Res. 28 (4B), 2169-2174, 2008.

Szarka, K., Nagy, G.: DNS vírusok.
In: Orális mikrobiológia, immunitástan, diagnosztika és infekciókontroll. Szerk.: Rozgonyi Ferenc, Kónya József, Medicina Könyvkiadó Zrt., Budapest, 153-160, 2007. ISBN: 9789632261232

Szarka, K.: Hepatitisvírusok.
In: Orális mikrobiológia, immunitástan, diagnosztika és infekciókontroll. Szerk.: Rozgonyi Ferenc, Kónya József, Medicina Könyvkiadó Zrt., Budapest, 167-170, 2007. ISBN: 9789632261232

Szarka, K., Nagy, G.: Humán immundeficiencia vírus.
In: Orális mikrobiológia, immunitástan, diagnosztika és infekciókontroll. Szerk.: Rozgonyi Ferenc, Kónya József, Medicina Könyvkiadó Zrt., Budapest, 175-178, 2007. ISBN: 9789632261232

Szarka, K.: Keresztfertőzések a fogorvosi gyakorlatban és az infekciókontroll alapelvei.
In: Orális mikrobiológia, immunitástan, diagnosztika és infekciókontroll. Szerk.: Rozgonyi Ferenc, Kónya József, Medicina Könyvkiadó Zrt., Budapest, 197-202, 2007. ISBN: 9789632261232

Szarka, K.: Protozoológia.
In: Orális mikrobiológia, immunitástan, diagnosztika és infekciókontroll. Szerk.: Rozgonyi Ferenc, Kónya József, Medicina Könyvkiadó Zrt., Budapest, 193-196, 2007. ISBN: 9789632261232

Szarka, K.: RNS vírusok.
In: Orális mikrobiológia, immunitástan, diagnosztika és infekciókontroll. Szerk.: Rozgonyi Ferenc, Kónya József, Medicina Könyvkiadó Zrt., Budapest, 160-166, 2007. ISBN: 9789632261232

Borbély, Á., Murvai, M., Szarka, K., Kónya, J., Gergely, L., Hernádi, Z., Veress, G.: Survivin promoter polymorphism and cervical carcinogenesis.
J. Clin. Pathol. 60 (3), 303-306, 2007.

Szarka, K., Nagy, G.: Tumorvírusok.
In: Orális mikrobiológia, immunitástan, diagnosztika és infekciókontroll. Szerk.: Rozgonyi Ferenc, Kónya József, Medicina Könyvkiadó Zrt., Budapest, 170-174, 2007. ISBN: 9789632261232

Czeglédy, J., Szarka, K.: Detection of high-risk HPV DNA in semen and its association with the quality of semen.
Int. J. STD AIDS. 17 (3), 211-212, 2006.

Székvölgyi, L., Hegedűs, É., Molnár, M., Bacsó, Z., Szarka, K., Beck, Z., Dombrádi, V., Austin, C., Szabó, G.: Nick-forming sequences may be involved in the organization of eukaryotic chromatin into ~50 kbp loops.
Histochem. Cell Biol. 125 (1-2), 63-73, 2006.

Nagy, E., Veress, G., Szarka, K., Csoma, E., Beck, Z.: Frequent methylation of p16(INK4A)/p14(ARF) promoters in tumorigenesis of Epstein-Barr virus transformed lymphoblastoid cell lines.
Anticancer Res. 25 (3B), 2153-2160, 2005.

Szládek, G., Juhász, A., Kardos, G., Szőke, K., Major, T., Sziklai, I., Tar, I., Márton, I., Kónya, J., Gergely, L., Szarka, K.: High co-prevalence of genogroup 1 TT virus and human papillomavirus is associated with poor clinical outcome of laryngeal carcinoma.
J. Clin. Pathol. 58 (4), 402-405, 2005.

Szabó, J., Szarka, K.: Orális mikrobiológia.
In: Fogorvosi mikrobiológia. Szerk.: Kónya József, Szabó Judit, Veress György, Beck Zoltán, Szarka Krisztina, Debreceni Egyetem Orvos és Egészségtudományi Centrum Elnöki Hivatal, Debrecen, 111-150, 2005.

Major, T., Szarka, K., Sziklai, I., Gergely, L., Czeglédy, J.: The characteristics of human papillomavirus DNA in head and neck cancers and papillomas.
J. Clin. Pathol. 58 (1), 51-55, 2005.

Szládek, G., Juhász, A., Asztalos, L., Szőke, K., Murvai, M., Szarka, K., Veress, G., Gergely, L., Kónya, J.: Persisting TT virus (TTV) genogroup 1 variants in renal transplant recipients.
Arch. Virol. 148 (5), 841-851, 2003.

Hernádi, Z., Szarka, K., Sápy, T., Krasznai, Z., Veress, G., Póka, R.: The prognostic significance of HPV-16 genome status of the lymph nodes, the integration status and p53 genotype in HPV-16 positive cervical cancer: a long term follow up.
BJOG. 110 (2), 205-209, 2003.

Szőke, K., Szládek, G., Szarka, K., Juhász, A., Veress, G., Gergely, L., Kónya, J.: Human cytomegalovirus load in the peripheral blood determined by quantitative competitive polymerase chain reaction.
Acta Microbiol. Immunol. Hung. 48 (3), 313-321, 2001.

Veress, G., Murvai, M., Szarka, K., Juhász, A., Kónya, J., Gergely, L.: Transcriptional activity of human papillomavirus type 16 variants having deletions in the long control region.
Eur. J. Cancer. 37 (15), 1946-1952, 2001.

Kónya, J., Veress, G., Juhász, A., Szarka, K., Sápy, T., Hernádi, Z., Gergely, L.: Additional human papillomavirus types detected by the hybrid capture tube test among samples from women with cytological and colposcopical atypia.
J. Clin. Microbiol. 38 (1), 408-411, 2000.

Szarka, K., Veress, G., Juhász, A., Kónya, J., Sápy, T., Soós, G., Hernádi, Z., Gergely, L.: Integration status of virus DNA and p53 codon 72 polymorphism in human papillomavirus type 16 positive cervical cancers.
Anticancer Res. 20 (3B), 2161-2167, 2000.

Szarka, K., Veress, G., Kónya, J., Gergely, L.: Frequency of p53 codon 72 genotypes in human papillomavirus associated squamous intraepithelial lesions and cervical cancer.
Anticancer Res. 19 (3B), 2377-2379, 1999.

Veress, G., Szarka, K., Dong, X., Gergely, L., Pfister, H.: Functional significance of sequence variation in the E2 gene and the long control region of human papillomavirus type 16.
J. Gen. Virol. 80 1035-1043, 1999.

Juhász, A., Remenyik, É., Szarka, K., Veress, G., Hunyadi, J., Gergely, L.: Consistent polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism pattern of human herpesvirus-8 in the course of classical Kaposi's sarcoma assumes its clonal origin.
J. Med. Virol. 54 (4), 300-304, 1998.