Skopkó, B., Paholcsek, M., Szilágyi-Rácz, A., Fauszt, P., Dávid, P., Stündl, L., Váradi, J., Kovács, R., Bágyi, K., Gálné Remenyik, J.: High-Throughput Sequencing Analysis of the Changes in the Salivary Microbiota of Hungarian Young and Adult Subpopulation by an Anthocyanin Chewing Gum and Toothbrush Change.
Dentistry Journal. 11 (2), 1-16, 2023.

Fidler, G., Szilágyi-Rácz, A., Dávid, P., Szilágyi-Tolnai, E., Rejtő, L., Szász, R., Póliska, S., Biró, S., Paholcsek, M.: Circulating microRNA sequencing revealed miRNome patterns in hematology and oncology patients aiding the prognosis of invasive aspergillosis.
Sci. Rep. 12 (1), 1-17, 2022.

Gál, K., Pesti-Asbóth, G., Vass, M., Biró, A., Markovics, A., Homoki, J., Fidler, G., Paholcsek, M., Cziáky, Z., Németh, N., Gálné Remenyik, J., Soltész, P.: Monitoring and recovery of hyperglycaemia-induced endothelial dysfunction with rheopheresis in diabetic lower extremity ulceration with hyperviscosity.
Diabetes and Vascular Disease Research. 19 (6), 1-14, 2022.

Fehér, M., Fauszt, P., Szilágyi-Tolnai, E., Fidler, G., Pesti-Asbóth, G., Stágel, A., Szűcs, I., Biró, S., Gálné Remenyik, J., Paholcsek, M., Stündl, L.: Effects of phytonutrient-supplemented diets on the intestinal microbiota of Cyprinus carpio.
PLoS One. 16 (4), 1-24, 2021.

Ferenczi, S., Solymosi, N., Horváth, I., Szeőcs, N., Grózer, Z., Kuti, D., Juhász, B., Winkler, Z., Pankotai, T., Sükösd, F., Stágel, A., Paholcsek, M., Dóra, D., Nagy, N., Kovács, K., Zanoni, I., Szállási, Z.: Efficient treatment of a preclinical inflammatory bowel disease model with engineered bacteria.
Mol. Ther. Methods. Clin. Dev. 20 218-226, 2021.

Siposné Sohajda, R., Kokavecz, L., Baróti-Tóth, K., Nagy, S., Paholcsek, M., Stágel, A.: Introduction of nucleic acid amplification technology for blood screening in Hungary.
VOXS. 16 (4), 321-329, 2021.

Szilágyi-Tolnai, E., Fauszt, P., Fidler, G., Pesti-Asbóth, G., Szilágyi, E., Stágel, A., Kónya, J., Szabó, J., Stündl, L., Babinszky, L., Gálné Remenyik, J., Biró, S., Paholcsek, M.: Nutraceuticals Induced Changes in the Broiler Gastrointestinal Tract Microbiota.
Systems. 6 (2), 1-25, 2021.

Biró, A., Markovics, A., Fazekas, M., Fidler, G., Szalóki, G., Paholcsek, M., Lukács, J., Stündl, L., Gálné Remenyik, J.: Allithiamine Alleviates Hyperglycaemia-Induced Endothelial Dysfunction.
Nutrients. 12 (6), 1-13, 2020.

Markovics, A., Biró, A., Kun-Nemes, A., Fazekas, M., Szilágyi-Rácz, A., Paholcsek, M., Lukács, J., Stündl, L., Gálné Remenyik, J.: Effect of Anthocyanin-Rich Extract of Sour Cherry for Hyperglycemia-Induced Inflammatory Response and Impaired Endothelium-Dependent Vasodilation.
Nutrients. 12 (11), 1-13, 2020.

Szilágyi-Tolnai, E., Fidler, G., Szász, R., Rejtő, L., Nwozor, K., Biró, S., Paholcsek, M.: Free circulating mircoRNAs support the diagnosis of invasive aspergillosis in patients with hematologic malignancies and neutropenia.
Sci. Rep. 10 (1), 1-12, 2020.

Kuti, D., Winkler, Z., Horváth, K., Juhász, B., Paholcsek, M., Stágel, A., Gulyás, G., Czeglédi, L., Ferenczi, S., Kovács, K.: Gastrointestinal (non-systemic) antibiotic rifaximin differentially affects chronic stress-induced changes in colon microbiome and gut permeability without effect on behavior.
Brain Behav. Immun. 84 218-228, 2020.

Fidler, G., Szilágyi-Tolnai, E., Stágel, A., Gálné Remenyik, J., Stündl, L., Gál, F., Biró, S., Paholcsek, M.: Tendentious effects of automated and manual metagenomic DNA purification protocols on broiler gut microbiome taxonomic profiling.
Sci. Rep. 10 (1), 1-16, 2020.

White, P., Barnes, R., Gorton, R., Cruciani, M., Loeffler, J., Fungal PCR Initiative: Comment on: T2Candida MR as a predictor of outcome in patients with suspected invasive candidiasis starting empirical antifungal treatment: a prospective pilot study.
J. Antimicrob. Chemoter. 74 532-533, 2019.

Biró, A., Hegedűs, C., Gyémánt, G., Stündl, L., Paholcsek, M., Gálné Remenyik, J.: Effect of allithiamine in neuropathic pain sensation.
In: 9th Central European Congress on Food, Food Science for Well-being : Abstract book. Ed.: L. Gaceu, M. Mironescu, G. Mohan, Lucia Blaga University of Sibiu Press, Sibiu, Romania, 145, 2018. ISBN: 9786061215461

Homoki, J., Gyémánt, G., Balogh, P., Stündl, L., Bíróné Molnár, P., Paholcsek, M., Váradi, J., Fenyvesi, F., Kelentey, B., Nemes, J., Gálné Remenyik, J.: Sour cherry extract inhibits human salivary α-amylase and growth of Streptococcus mutans: (a pilot clinical study).
Food Funct. 9 (7), 4008-4016, 2018.

Fidler, G., Leiter, É., Kocsubé, S., Biró, S., Paholcsek, M.: Validation of a simplex PCR assay enabling reliable identification of clinically relevant Candida species.
BMC Infect. Dis. 18 (393), 1-13, 2018.

Morton, C., White, P., Barnes, R., Klingspor, L., Cuenca-Estrella, M., Lagrou, K., Bretagne, S., Melchers, W., Mengoli, C., Caliendo, A., Cogliati, M., Debets-Ossenkopp, Y., Gorton, R., Hagen, F., Halliday, C., Hamal, P., Harvey-Wood, K., Jaton, K., Johnson, G., Kidd, S., Lengerova, M., Lass-Florl, C., Linton, C., Millon, L., Morrissey, C., Paholcsek, M., Talento, A., Ruhnke, M., Willinger, B., Donnelly, J., Loeffler, J., EAPCRI: Determining the analytical specificity of PCR-based assays for the diagnosis of IA: what is Aspergillus?.
Med. Mycol. 55 (4), 402-413, 2017.

Fidler, G., Kocsubé, S., Leiter, É., Biró, S., Paholcsek, M.: DNA Barcoding Coupled with High Resolution Melting Analysis Enables Rapid and Accurate Distinction of Aspergillus species.
Med. Mycol. 55 642-659, 2017.

Paholcsek, M., Fidler, G., Kónya, J., Rejtő, L., Méhes, G., Bukta, E., Loeffler, J., Biró, S.: Combining standard clinical methods with PCR showed improved diagnosis of invasive pulmonary aspergillosis in patients with hematological malignancies and prolonged neutropenia.
BMC Infect. Dis. 15 (1), 251, 2015.

Paholcsek, M., Leiter, É., Markovics, A., Biró, S.: Novel and sensitive qPCR assays for the detection and identification of aspergillosis causing species.
Acta Microbiol. Immunol. Hung. 61 (3), 273-284, 2014.

Fekete, E., Karaffa, L., Karimi Aghcheh, R., Németh, Z., Fekete, É., Orosz, A., Paholcsek, M., Stágel, A., Kubicek, C.: The transcriptome of lae1 mutants of Trichoderma reesei cultivated at constant growth rates reveals new targets of LAE1 function.
BMC Genomics. 15 447-1 - 447-10, 2014.

Karimi Aghcheh, R., Németh, Z., Atanasova, L., Fekete, E., Paholcsek, M., Karaffa, E., Aquino, B., Druzhinina, I., Karaffa, L., Kubicek, C.: The VELVET A orthologue VEL1 of Trichoderma reesei regulates fungal development and is essential for cellulase gene expression.
PLoS One. 9 (11), e112799-1 - e112799-10, 2014.

Paholcsek, M.: Molekuláris genetikai módszerek és alkalmazásuk.
In: Genetika és molekuláris biológia: Jegyzet a Debreceni Egyetem Népegészségügyi Kar I. éves hallgatói számára. Szerk.: Schlammadinger József, Debreceni Egyetemi Kiadó, Debrecen, 151-162, 2013. ISBN: 9789633184080

Springer, J., Morton, C., Perry, M., Heinz, W., Paholcsek, M., Alzheimer, M., Rogers, T., Barnes, R., Einsele, H., Loeffler, J., White, P.: Multicenter comparison of serum and whole-blood specimens for detection of Aspergillus DNA in high-risk hematological patients.
J. Clin. Microbiol. 51 (5), 1445-1450, 2013.

Paholcsek, M.: Populációgenetika.
In: Genetika és molekuláris biológia: Jegyzet a Debreceni Egyetem Népegészségügyi Kar I. éves hallgatói számára. Szerk.: Schlammadinger József, Debreceni Egyetemi Kiadó, Debrecen, 127-133, 2013. ISBN: 9789633184080